La disputa por el territorio en las distintas regiones del país ha hecho que la población civil de las zonas que son consideradas como estratégicas para el narcotráfico, la movilidad y el refugio de los grupos armados al margen, sea la principal víctima de atropellos y violaciones de los derechos humanos.
Dentro de esta lógica, las masacres, consideradas como eventos dentro del conflicto en los que se comete un asesinato de cuatro o más personas al mismo tiempo, son usados frecuentemente como una herramienta para generar intimidación de la población civil y así apropiarse de los recursos y del territorio. La mayor cantidad de masacres fueron cometidas durante la época de auge paramilitar entre 1999 y 2003, haciendo que este actor armado sea responsable del 58% de estos casos.
De 2004 a 2009 se presentó una disminución de las masacres cometidas en su mayoría en los departamentos de Antioquia, Valle del Cauca, Norte de Santander y Meta, sin embargo, en los últimos años, según la organización Human Rights Watch, se evidenció un crecimiento del 35% en el tema de masacres, las cuales según información de la policía fueron cometidas en su mayoría por las bandas criminales herederas del paramilitarismo.
