La investigación al ex senador se inició luego de que varios desmovilizados, en versiones libre de Justicia y Paz lo señalaran como un aliado de las autodefensas. Además, la investigación tomó impulso por un documento anónimo en el que se señala que 16 políticos santandereanos militantes de Convergencia Ciudadana se aliaron con paramilitares, entre ellos Reyes.

El ex senador santandereano fue capturado el 24 de octubre de 2010 por orden de la Corte Suprema de Justicia. Reyes fue condenado por del delito de concierto para delinquir agravado por promocionar grupos armados al margen de la ley, a raíz de sus nexos con el Bloque Central Bolívar. 

Al final del proceso judicial, el Alto Tribunal pudo establecer que Reyes realizó pactos con los ex jefes paramilitares Rodrigo Pérez Alzate, alias 'Julián Bolívar', y Carlos Mario Jiménez, alias 'Macaco'; también que sostuvo una reunión con Iván Roberto Duque, alias 'Ernesto Báez'.


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