En enero de 2006, menos de dos meses antes de las elecciones de Congreso, Vives fue uno de los tres congresistas expulsados del partido de La U por supuestos vínculos con paramilitares. Por esa razón, se inscribió en la lista de Convergencia Ciudadana (de Luis Alberto Gil) y se mantuvo en el Congreso con 58 mil votos.

La Corte Suprema de Justicia lo condenó tras comprobar sus vínculos con el Frente Resistencia Tayrona, grupo paramilitar que delinquió en Magdalena, especialmente en la Sierra Nevada. Al respecto, Vives dijo que sólo se reunió en diciembre de 2005 con Rodrigo Tovar Pupo, alias 'Jorge 40', jefe del Bloque Norte, para conocer la suerte de su hermano Mauricio Vives, quien estuvo secuestrado y luego apareció enterrado como NN.

El 12 de marzo de 2013, el ex senador instauró  una demanda ante el Consejo de Estado, con la intención de que se anule la decisión de la Procuraduría que lo inhabilitó para ejercer cargos públicos durante 20 años. El 19 de noviembre de 2009, la Corte Suprema desestimó una tutela con la que Vives pretendía reversar la condena en su contra, alegando a que se le había violado el derecho al debido proceso, porque su juicio sólo tuvo una instancia.


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